Uji genetika untuk kanker dapat memberikan hasil yang tidak pasti: ilmu pengetahuan baru sedang memb

Pengobatan kanker semakin menjadi lebih personal. Dengan mempertimbangkan profil genetik dan molekuler unik pasien, serta faktor gaya hidup dan lingkungan mereka, dokter dapat membuat keputusan pengobatan yang lebih akurat. Pendekatan ini, yang dikenal sebagai kedokteran personal atau kedokteran presisi, telah digunakan secara meningkat di Afrika Selatan dan telah menyebar ke negara-negara Afrika lainnya dalam beberapa dekade terakhir. Ini membutuhkan dokter untuk lebih mengandalkan tes genetik untuk membimbing keputusan. Namun, tes ini tidak selalu memberikan jawaban yang jelas. Genomik fungsional mungkin menawarkan cara untuk meningkatkan interpretasi hasil tes genetik yang tidak jelas. Kami berbicara dengan ilmuwan fisiologis Claudia Christowitz tentang hal itu.

Apakah kanker merupakan penyakit genetik dan apa itu pengobatan personalisasi?

Kankeradalah secara mendasar sebuah penyakit genetik. Penyakit ini muncul ketika perubahan dalam DNA seseorang (disebut sebagai variasi atau mutasi) mengganggu fungsi sel yang normal, seperti pertumbuhan dan pembelahan sel. Akhirnya, hal ini menyebabkan pembentukan tumor. Perubahan ini dapat diwarisi dari keluarga atau terjadi selama masa hidup seseorang. Hal ini bisa disebabkan olehfaktor risiko gaya hidup dan lingkunganseperti merokok, radiasi ultraviolet, dan agen infeksius, di antaranya.

Dalam beberapa dekade terakhir, kita telah memasuki eramedisin personalisasi. Akibatnya, peran genetika dalam pengobatan kanker menjadi lebih menonjol. Pengobatan personalisasi melibatkan penyesuaian pengobatan kanker sesuai dengan karakteristik unik setiap pasien.

Misalnya, meskipun dua orang didiagnosis menderita jenis dan tahap kanker yang sama, hasil pengobatan mereka mungkin berbeda. Hal ini disebabkan oleh faktor-faktor seperti susunan genetik dan molekuler mereka, kondisi kesehatan secara keseluruhan, usia, komposisi tubuh, kebiasaan gaya hidup, serta penggunaan obat-obatan lain yang dapat memengaruhi seberapa baik pengobatan bekerja bagi mereka.

Bagaimana kemajuan dalam pengujian genetik telah membantu dalam pengobatan kanker?

Kemajuan dalam sekuensing DNAteknologitelah memungkinkan deteksi variasi genetik yang lebih cepat dan akurat. Tes dapat mencari beberapa gen tertentu yang terkait dengan kondisi medis tertentu, atau mereka dapat menggambarkan seluruh genom individu, atau hanya daerah yang mengkode protein dari genom (eksom).

Pengurutan DNA telah merevolusi perawatan kanker. Dokter dapat menggunakannya untuk meningkatkan pencegahan pada orang yang berisiko kanker, mendeteksi kanker secara dini, dan memilih pengobatan yang paling sesuai.

Afrika pertama yang memiliki kapasitas tinggiPusat Genomikdiluncurkan pada tahun 2019 oleh Dewan Penelitian Medis Afrika Selatan. Pasien kanker sekarang dapat menjalani sekuen eksom lengkap dan sekuen genom lengkap secara lokal dengan biaya sekitar R10.000 (sekitar US$566) hingga R20.000 (sekitar US$1.132). Ini terkadang ditanggung oleh asuransi kesehatan. Layanan ini juga tersedia di fasilitas penelitian sepertiPusat Penelitian Proteomik dan Genomikatau yangPusat Penelitian dan Inovasi Epidemiologidi Universitas Stellenbosch.

Fasilitas ini memperkuat kemampuan untuk melakukan sekuensing, menganalisis, dan menyimpan genom manusia, terutama untuk keragaman genetik di Afrika. Namun, sekuensing genom rutin, khususnya di sektor kesehatan masyarakat, masih terbatas karena biaya yang tinggi, kesadaran yang terbatas, dan kebutuhan akan tenaga terlatih.

Apa kekurangan dari pengujian genetik?

Pengujian genetik tidak memberikan semua jawaban. Sayangnya, tidak semuahasil genetikjelas. Dalam banyak kasus, pasien menerima hasil yang menunjukkan perubahan dalam DNA mereka yang tidak dapat diklasifikasikan secara meyakinkan sebagai berbahaya (varian patogenik atau mutasi) atau tidak berbahaya (varian benign). Varian yang tidak terklasifikasi ini dikenal sebagaivarian dengan signifikansi yang tidak pastiKetidakpastian sering kali membuat pasien dan onkolog mereka (dokter kanker) bingung tentang langkah berikutnya.

Dengan kemajuan teknologi sekuensing, variasi langka atau baru semakin sering terdeteksi. Namun tanpa pemahaman yang jelas apakah variasi tersebut memengaruhi fungsi gen, para dokter seringkali harus menunggu - kadang selama bertahun-tahun - hingga informasi lebih lanjut muncul.

Ketika pasien menjalani pengujian genetik - sering kali sebagai bagian dari skrining kanker keturunan atau sebagai respons terhadap kanker yang muncul dini atau kanker keluarga - harapan adalah menemukan variasi yang jelas menjelaskan kondisi mereka. Namun, sekuensing dapat menghasilkan variasi dengan signifikansi yang tidak pasti, memunculkan pertanyaan tentang manfaatnya dalam perawatan pasien dan apakah tes tersebut layak biayanya.

Apa itu genomik fungsional dan bagaimana bisa membuat hasil tes genetik lebih jelas?

Genomik fungsionaladalah bidang yang berkembang yang dapat mengubah cara kita memahami hasil genetik yang belum terselesaikan dan membuatnya mungkin untuk meningkatkan perawatan klinis bagi pasien kanker.

Genomik fungsional tidak hanya sekadar membaca kode DNA. Ia menyelidiki bagaimana variasi genetik berperilaku dalam sistem biologis. Dengan mengevaluasi bagaimana suatu variasi mengubah ekspresi gen, fungsi protein, perilaku sel, atau respons terhadap pengobatan, para ilmuwan dapat menentukan apakah variasi tersebut kemungkinan bersifat netral atau patogenik.

Informasi ini penting untuk membuat keputusan medis yang tepat waktu. Pentingnya, sel yang berasal dari pasien dapat digunakan untuk meniru kondisi biologis nyata secara lebih akurat. Dengan menggunakan sel yang membawa variasi tersebut dan membandingkannya dengan sel tanpa variasi, ilmuwan dapat menentukan apakah variasi tersebut memengaruhi respons sel terhadap pengobatan tertentu atau tidak.

Secara singkat: uji genetik seperti membaca "buku panduan petunjuk" dari sebuah sel. Genomik fungsional seperti menguji efek perubahan pada petunjuk-petunjuk ini.

Sayabelajar, menggunakan sel yang berasal dari pasien, meneliti efek dari kondisi langkaTP53varian yang pertama kali diidentifikasi dalam DNA germline (turunan) melalui whole exome sequencing pada sebuah keluarga Afrika Selatan dengan berbagai jenis kanker. Saya menemukan bahwa varian ini membuat sel-sel menjadi resisten terhadap obat kemoterapi doxorubicin. Alih-alih mengalami kematian sel seperti yang diharapkan, sel-sel tersebut masuk ke mode "tidur" yang disebut senescence, di mana sel-sel yang rusak berhenti membelah diri.

Meskipun ini mencegah pertumbuhan sel-sel yang rusak, sel-sel yang menua dapat melepaskan sinyal yang mungkin menyebabkan peradangan dan merusak sel-sel sehat di sekitarnya. Variasi ini juga mengurangi kemampuan sel-sel imun untuk bergerak, yang mungkin memengaruhi kemampuan mereka untuk menuju sel kanker dan menyerangnya. Studi ini, yang dipimpin oleh Prof Anna-Mart Engelbrecht, Prof Maritha Kotze, dan Dr Daniel Olivier dari Universitas Stellenbosch, menyoroti bagaimanagenomik fungsionaldapat mengungkap dampak dari suatu variasi yang tidak diketahui signifikansinya, yang mungkin membimbing keputusan medis.

Di dunia di mana kedokteran personalisasi berkembang pesat, genomik fungsional merupakan langkah penting maju, memberikan lebih banyak kejelasan, perawatan yang lebih baik, dan harapan baru bagi mereka yang menghadapi kanker.

Artikel ini dipublikasikan ulang dariPerbincangan, organisasi berita nirlaba dan independen yang membawa Anda fakta serta analisis yang dapat dipercaya untuk membantu Anda memahami dunia yang kompleks ini. Ditulis oleh:Claudia Christowitz,Universitas Stellenbosch

Baca lebih lanjut: